Relacje katalogowe

Obsługiwane urządzenia

Biomek Software jest środowiskiem sterującym stacjami automatycznego pipetowania Beckman Coulter. W katalogu bioreaktorów ma znaczenie jako warstwa wykonawcza RoboLector XT: program steruje robotem Biomek i5 Span-8, podczas gdy BioLection prowadzi protokół hodowli, BioLector Agent pośredniczy w dostępie do mikrobioreaktora, a RoboLector Agent zamienia warunki procesu na polecenia dozowania i poboru próbek.

Najważniejsze dane

Pole Wartość
Producent Beckman Coulter Life Sciences
Typ komercyjne oprogramowanie sterujące robotami liquid handling
Udokumentowane wydania i-Series Biomek 5.0, 5.1, 5.3 i 5.5
Bieżące rozgałęzienie platform 5.3 jako modernizacja istniejących i-Series do Windows 11; 5.5 w nowym Biomek i3
System hosta Windows 10 dla udokumentowanych instalacji 5.0/5.1; Windows 11 dla 5.3 i 5.5
Model tworzenia metod ikonowy edytor drag-and-drop, kroki urządzenia i pipetowania, kontrola przepływu, dane i narzędzia
Walidacja przed wykonaniem walidacja w edytorze oraz symulator 3D działający w czasie rzeczywistym albo przyspieszonym
Konfiguracja sprzętu instrument file: komponenty, deck layout i framing
Konfiguracja procesu project file: labware, tips, liquid types, pipetting techniques i templates
Identyfikacja materiału import identyfikatorów próbek z kodów płyt; opcjonalny skaner 2D/linear C59043 dla i3
Konta i integralność Biomek Accounts and Permissions; role, uprawnienia, hasła, podpisy elektroniczne i audit trail
Integracja danych import work orders i eksport danych do LIMS; raporty run/labware/sample; opcjonalny DART
Zdalny podgląd Method Launcher/DeckOptix przez Google Chrome; opcjonalny serwis BeckmanConnect
Interfejs serwisowy BeckmanConnect przez HTTPS, port TCP 443; sesja zatwierdzana przez operatora
Integracja RoboLector XT metoda Biomek_XT_Imports, SILAS, FixedTips.csv, opcjonalny SubRoutines.csv
Katalog integracji RoboLector C:\Users\Public\Documents\RoboLector\Handshake files\
Powiązane urządzenie w katalogu m2p-labs / Beckman Coulter RoboLector XT

Wersje i zgodność

Biomek 5.0

Wersja 5.0 występuje w materiałach i-Series oraz w konfiguracjach Biomek i5/i7. Oficjalna karta zestawu Biomek Echo One wymienia Biomek v5.0 obok DeckOptix Final Check i Biomek Method Launcher. Instrukcja integracji BioLector XT z Biomek i-Series z 2024 r. nie przypisuje jednego numeru wydania, lecz opisuje tę samą rodzinę Biomek 5 na komputerze sterującym robotem.

Biomek 5.1

Karty akcesoriów i-Series C27962 i C28425 podają wspólny stos: Windows 10, Biomek 5.1, SAMI 5.1 oraz DART 2.1. Jest to konkretna, udokumentowana konfiguracja zgodności, przydatna podczas identyfikacji starszej stacji. Nie należy na jej podstawie zakładać, że każda instalacja Biomek 5.1 zawiera oba dodatki.

Biomek 5.3

Biomek 5.3 jest oficjalną ścieżką przeniesienia istniejących stacji i-Series na Windows 11. Do migracji kwalifikują się systemy pracujące z Biomek 5.0 lub nowszym; osobnej oceny wymagają akcesoria i zintegrowane urządzenia. Producent wymienia trzy cechy wydania:

  • zgodność z Windows 11 oraz zmiany w obszarze łączności i cyberbezpieczeństwa;
  • Biomek Accounts and Permissions 3.3;
  • zaktualizowany firmware poprawiający niezawodność komunikacji USB.

Metody z wcześniejszych wydań Biomek 5 mają być przenoszone do 5.3, a układ i sposób obsługi interfejsu pozostały zachowane. Nowe i-Series objęte tą ścieżką były dostarczane z kontrolerem Windows 11 i Biomek 5.3.

Biomek 5.5

Biomek 5.5 jest udokumentowany dla wprowadzonego później robota Biomek i3. Broszura i plakat producenta wskazują Windows 11, obsługę dotyku, pełny symulator 3D, Guided Labware Setup, Method Options Selector budujący interfejsy HTML i zmienne wejściowe oraz Biomek Accounts and Permissions. Numer 5.5 należy przypisywać tej gałęzi na podstawie konfiguracji urządzenia, a nie automatycznie aktualizować nim starszy host RoboLector XT.

Wersja Potwierdzona platforma lub konfiguracja System
5.0 i-Series; między innymi zestaw Biomek Echo One Windows 10 w tej generacji kontrolerów
5.1 i-Series z opcjonalnym SAMI 5.1 i DART 2.1 Windows 10
5.3 modernizacja i-Series działających wcześniej z 5.0+ Windows 11
5.5 Biomek i3 Windows 11

Relacja z RoboLector XT

Warstwa Odpowiedzialność
BioLection utworzenie protokołu hodowli i przeniesienie go do BioLector XT
BioLector Agent lokalny most do protokołów, filtrów i kalibracji urządzenia
RoboLector Agent ocena triggerów, mapowanie studzienek oraz utworzenie poleceń handshake
Biomek Software fizyczne wykonanie dozowania, sampling, chwytanie labware, mycie i sterowanie deckiem
moduł SILAS integracja urządzenia BioLector XT z metodą Biomek

W tej encyklopedii Biomek Software jest powiązany tylko z kartą RoboLector XT. Starszy RoboLector korzystał z robota PerkinElmer JANUS i WinPrep, dlatego nie jest członkiem tej relacji.

Edytor metody

Główne okno łączy drzewo metody z grupami kroków: konfiguracją i urządzeniami, pipetowaniem, danymi, sterowaniem oraz narzędziami. Metoda może określić pozycje źródłowe i docelowe, typy cieczy, końcówki, ruch chwytaka, kolejność operacji i reakcję na dane powstające podczas wykonania. Interfejs pozwala uruchamiać całość, pojedynczy krok, pauzę i sterowanie ręczne.

Biomek rozdziela konfigurację stanowiska od konfiguracji projektu:

Artefakt Zawartość
instrument file konkretna stacja, zainstalowane komponenty, układ decku i współrzędne framing
project file labware, typy końcówek, typy cieczy, techniki pipetowania i szablony
method sekwencja kroków wykonywana na wybranym instrumencie i projekcie
runtime log przebieg wykonania i dane wykorzystywane przez raportowanie albo DART

Taki podział ma znaczenie przy przenoszeniu metody. Sam plik method nie opisuje całej fizycznej konfiguracji robota; poprawne wykonanie zależy również od zgodnego instrument file, project file, sterowników urządzeń i rzeczywistego decku.

Guided Labware Setup

Guided Labware Setup porządkuje labware i odczynniki, prowadzi operatora przez przygotowanie oraz rozmieszczenie elementów. Ekran pokazuje grupy labware, instrukcje, pozycje decku i wymagane typy pojemników. W środowisku Method Launcher konfiguracja może zmieniać liczbę i rozmieszczenie elementów na podstawie liczby próbek bez ręcznego przepisywania metody.

Guided Labware Setup w Biomek 5.5

Źródło ekranu: Biomek i3 Benchtop Liquid Handler Brochure, s. 5, Beckman Coulter Life Sciences.

DeckOptix Final Check jest funkcją dla i-Series analizującą przygotowany deck przed startem. Sprawdza między innymi poprawność położenia labware oraz zgodność typu tips i plates. Jest to kontrola konfiguracji stanowiska, a nie zamiennik technicznego interlocku drzwi ani walidacji samej metody.

Symulator 3D

Symulator odtwarza metodę na modelu stacji i może pracować w czasie rzeczywistym lub przyspieszonym. Pozwala ocenić ruchy, rozmieszczenie labware i kolejność kroków bez zajmowania robota oraz zużywania materiałów. Producent opisuje wizualny edytor jako walidujący metodę podczas tworzenia, a symulator jako pokazujący sposób jej wykonania.

Symulator 3D Biomek 5.5 z drzewem metody

Źródło ekranu: Biomek i3 Benchtop Liquid Handler Brochure, s. 5, Beckman Coulter Life Sciences.

Dane, raporty i LIMS

Rdzeń Biomek śledzi identyfikatory próbek i dane transferów w czasie metody. Może importować work orders z LIMS, eksportować wyniki oraz przekazywać dane między metodami. Raporty obejmują poziom run, labware i sample. Barcode może zostać użyty do importu identyfikatora płytki, a następnie do utrzymania powiązania danych z fizycznym labware.

Istotne klasy danych to:

  • treść metody i jej wersja;
  • instrument file i project file użyte do wykonania;
  • identyfikatory labware, płyt i próbek;
  • źródło, cel i objętość transferu;
  • ustawienia liquid class i pipetting technique;
  • komunikaty przebiegu, przerwania i błędy urządzeń;
  • raporty z wykonania i dane przekazywane do LIMS.

Biomek Method Launcher

Method Launcher jest dodatkiem upraszczającym uruchamianie gotowych metod. Udostępnia ekran aplikacyjny z biblioteką metod, wydruk podsumowania przygotowania, Guided Labware Setup, podgląd postępu oraz raporty. Operator może pracować na zatwierdzonej metodzie bez otwierania pełnego edytora.

W i-Series dodatkiem jest DeckOptix Final Check. Method Launcher zapewnia też zdalny monitoring bieżącego wykonania z urządzenia wyposażonego w Google Chrome. Jest to podgląd procesu udostępniany przez warstwę Method Launcher, odrębny od serwisowego zdalnego pulpitu BeckmanConnect.

PowerPack

PowerPack rozszerza programowanie metod intensywnie wykorzystujących dane. Producent wymienia między innymi Normalization SuperStep, Hit-picking SuperStep oraz Project Synchronization Utility. Dodatek jest sprzedawany oddzielnie:

Produkt Numer Cena katalogowa USA
Biomek PowerPack Software, Full Version C05715 6 664 USD
Biomek PowerPack Software, Windows 10 Upgrade C43298 3 435 USD

Ceny dotyczą konkretnych pozycji w internetowym katalogu producenta, a nie całej stacji Biomek ani wdrożenia RoboLector XT.

DART

DART, czyli Data Acquisition and Reporting Tool, analizuje runtime logs Biomek i składa historię manipulacji próbką. Łączy dane z liquid handlera, urządzeń zintegrowanych i urządzeń stołowych w repozytorium określane przez producenta jako enterprise-scale database.

Funkcja DART Konkretne działanie
historia próbki zachowanie ciągłości danych przy przenoszeniu między płytami
decyzje procesu użycie danych do takich działań jak hit picking
wymiana dane między metodami, osobnymi robotami Biomek i LIMS
raportowanie drag-and-drop report builder, Excel tables/pivot views i SQL views
dostęp bieżące i historyczne dane w przeglądarce sieciowej
retencja natywne narzędzie archiwizacji

Karty producenta pokazują co najmniej dwa numery: DART 2.0 jako sprzedawany pakiet oraz DART 2.1 w określonej konfiguracji Biomek 5.1/SAMI 5.1. Publiczne ceny katalogowe DART 2.0 wynoszą:

Produkt Numer Cena katalogowa USA
DART Full Version 2.0 B56613 10 441 USD
DART Upgrade 2.0 B56614 5 192 USD
DART Windows 10 Upgrade for 2.0 C43299 5 192 USD

SAMI EX i SAMI Process Management

SAMI EX jest schedulerem dla zintegrowanych stanowisk. Tworzy zoptymalizowane, przewidywalne harmonogramy, przeplata subprocesses, wykorzystuje dane plate/well do podejmowania decyzji i obsługuje błędy urządzeń. Jego rolą jest koordynowanie procesu obejmującego więcej niż pojedynczą metodę robota.

SAMI Process Management jest warstwą kalendarzową nad procesami SAMI EX. Pozwala planować i obserwować wiele metod, uruchamiać procesy równolegle oraz przechowywać pozycje labware, dane i informacje o procesie. W materiałach i-Series spotykane są wersje SAMI 5.0 i 5.1; starsze stacje FXp/NXp/4000 używały również gałęzi SAMI 4.1/4.2.

Konta, role i audit trail

Biomek Accounts and Permissions, skracane również do BCAP, jest warstwą kontroli dostępu dla środowisk regulowanych. Producent wskazuje następujące możliwości:

  • administrator tworzy konta i zarządza nimi;
  • role i uprawnienia ograniczają dostęp do funkcji;
  • dostęp do protokołów, ich uruchamiania i edycji może być chroniony hasłem;
  • podpisy elektroniczne wspierają pracę zgodną z 21 CFR Part 11;
  • audit trail rejestruje aktywność użytkowników w aplikacjach;
  • validated methods mogą zostać zablokowane przed przypadkową zmianą przez operatora.

Biomek 5.3 zawiera Accounts and Permissions 3.3. Dokumentacja Biomek i3/5.5 nadal wymienia Accounts and Permissions jako mechanizm administracyjny i wsparcie 21 CFR Part 11.

Windows i utrzymanie hosta

Komputer sterujący jest częścią systemu wykonawczego. Oficjalny dokument minimalnej konfiguracji sieciowej BeckmanConnect dla i-Series z Windows 10 wskazuje Windows Defender jako zweryfikowane rozwiązanie antymalware oraz następujące wyłączenia skanowania w czasie rzeczywistym:

C:\Users\Public\Documents\Biomek5
C:\Users\Public\Documents\SAMI5.0
C:\ProgramData\Beckman Coulter
C:\ProgramData\Beckman Coulter Inc

Ten sam dokument wymaga dla i-Series konfiguracji Windows Auto Update przed podłączeniem do BeckmanConnect. W przygotowaniu hosta producent wymienia kopię danych krytycznych, wyłączenie Windows AutoPlay, Windows Firewall dla wszystkich profili, zastosowanie wyjątków opisanych w IFU i aktywną ochronę antymalware.

Wyłączenia skanowania obejmują katalogi wykonawcze i danych, dlatego ich integralność powinna być kontrolowana innym mechanizmem hosta. Zmiana zawartości tych ścieżek może wpływać na metody, logi, konfigurację i harmonogramy nawet wtedy, gdy pliki są wyłączone z bieżącego skanowania antywirusowego.

CVE-2025-47981

13 sierpnia 2025 r. Beckman Coulter opublikował ocenę podatności Windows SPNEGO Remote Code Execution CVE-2025-47981. NVD klasyfikuje ją jako krytyczną podatność Windows; producent wskazał Biomek i-Series i Biomek 4000 jako produkty wymagające działania, jeżeli komputer sterujący używa Windows 10 lub Windows 11. Zaleceniem dla obu rodzin Biomek jest włączenie automatycznych aktualizacji Windows zgodnie z Biomek Software Reference Manual.

Wpis należy interpretować jako podatność systemu operacyjnego komputera sterującego, która dotyczy wdrożenia Biomek, a nie jako błąd nazwany w kodzie Biomek Software. Rozróżnienie jest istotne dla inwentaryzacji: stan podatności zależy od wersji i poprawek Windows na konkretnym hoście.

BeckmanConnect

BeckmanConnect jest opcjonalnym kanałem wsparcia zdalnego dostępnym między innymi dla i-Series oraz starszych Biomek 4000, NX/NXp i FX/FXp. Komponent zdalnego pulpitu bazuje na TeamViewer i uruchamia się ponownie razem z systemem. Komunikacja wychodząca przechodzi przez firewalle i proxy z użyciem HTTPS na porcie TCP 443.

Kontrola sesji opisana przez producenta obejmuje:

Element Działanie
inicjacja operator laboratorium rozpoczyna sesję i wyraża zgodę
hasło jednorazowe hasło resetowane po sesji; aktualizacja bezpieczeństwa opisuje dynamiczne hasło ośmioznakowe
podgląd i sterowanie każde działanie wymaga zatwierdzenia komunikatu ekranowego
transfer plików osobne zatwierdzenie dla urządzeń niemedycznych; dla urządzeń medycznych funkcja jest wyłączona
dostęp serwisu ograniczony do pracowników Beckman w regionie wsparcia, z uwierzytelnianiem wieloskładnikowym
logi transfery plików i sesje pulpitu są przechowywane na serwerach wsparcia przez rok

BeckmanConnect nie jest kanałem zdalnego dostępu dla zwykłego użytkownika laboratorium. Producent ogranicza taką sesję do personelu wsparcia Beckman; funkcja jest dostępna w okresie gwarancji lub w ramach odpowiedniego planu serwisowego.

Integracja przez SILAS i handshake

W RoboLector XT inżynier Beckman konfiguruje fizyczny deck, instaluje moduł SILAS, odwzorowuje deck w Biomek Software i wykonuje framing. Dostarczona metoda nazywa się Biomek_XT_Imports. Instrukcja określa ją jako konfigurowaną przez Field Applications Scientist podczas instalacji.

Metoda oczekuje na pliki w katalogu:

C:\Users\Public\Documents\RoboLector\Handshake files\

FixedTips.csv opisuje żądane transfery, a opcjonalny SubRoutines.csv wskazuje uruchamiane podprocedury. Po wykonaniu operacji Biomek Software nadaje plikom timestamp, przenosi kopię do podkatalogu archiwalnego i usuwa pliki z katalogu głównego. Ich usunięcie jest dla RoboLector Agent potwierdzeniem, po którym mikrobioreaktor kontynuuje następny cykl pomiarowy.

Nazwy płytek w dostarczonej metodzie mają znaczenie kontraktowe. Instrukcja używa BioLector dla płytki procesu, Dosing, Dosing2, Dosing3 dla źródeł oraz Sampling, Sampling2, Sampling3 dla odbiorników. Fizyczne pozycje mogą być zmienione, jeżeli układ w Biomek Software odpowiada rzeczywistemu deckowi.

Kopia konfiguracji i materiał dowodowy

Odtworzenie środowiska wymaga zachowania większego zestawu niż pojedyncza metoda. Dla instalacji operacyjnej znaczenie mają:

Obiekt Powód zachowania
numer wersji Biomek i wersja Windows zgodność metody, sterowników, aktualizacji i ocena CVE
instrument file konfiguracja komponentów, deck layout i framing konkretnego robota
project file labware, tips, liquids, techniques i templates
methods logika wykonawcza, w tym Biomek_XT_Imports
sterowniki i moduły integracji komunikacja z urządzeniami trzecimi oraz SILAS
katalogi Biomek5 i SAMI dane aplikacji wyłączone z bieżącego skanowania Defendera
handshake archive i pipetting logs korelacja triggera biologicznego z fizyczną operacją robota
BCAP i audit trail identyfikacja konta, roli, podpisu i zmian konfiguracji
DART repository historia próbek, labware, metod i wyników, jeżeli dodatek jest wdrożony

Hash plików, czas systemowy hosta i eksport dzienników powinny być utrzymane wspólnie, ponieważ handshake, log Biomek, log RoboLector Agent i historia procesu opisują kolejne części jednego zdarzenia.

Zakup i materiały do pobrania

Biomek Software jest oferowany wraz z liquid handlerem oraz przez modernizacje producenta. Core software, Method Launcher i SAMI są wyceniane w kontekście konfiguracji, akcesoriów i usług. Publiczne pozycje PowerPack i DART pokazują ceny samych licencji lub upgrade'ów, bez kosztu robota, integracji i kwalifikacji.

Źródła bezpieczeństwa i integracji